数字档案室是机关电子政务的核心信息资源中心，其建设、运行和维护是一项长期的系统工程，需建立经费、制度和人才等各方面的保障机制。
6.1 经费保障
应为数字档案室建设予以经费保障。要将各门类电子（文件）档案的归档管理、纸质档案数字化、数字档案资源备份管理以及数字档案室应用系统的运维、升级费用等纳入本单位预算，给予长期的经费保障。
6.2 制度保障
应制定保障数字档案室正常运行的各项制度，并切实贯彻实施。包括：各门类电子文件归档管理制度、人才配备与经费保障制度、数字档案资源备份管理制度、数字档案室应用系统运维和安全管理制度、机关档案管理部门和电子文件形成部门、信息化部门职责分工及奖惩制度等。
6.3 人才保障
应为数字档案室配备满足工作需要的专职管理人员，条件成熟的，应配备2名以上专职管理人员。配备人员应具备档案或信息技术相关专业的本科学历，应具有较好的管理才能和计算机应用技能。应在制度上为专职档案管理人员的发展和进步予以保障。